Análisis de imágenes médicas con Python y la librería SimpleITK

¡Bienvenido al mundo del análisis de imágenes médicas con Python y SimpleITK! En este tutorial vamos a aprender cómo utilizar estas poderosas herramientas para procesar y analizar imágenes médicas.

¿Qué es SimpleITK?

SimpleITK es una librería de software de código abierto que proporciona una API para acceder a Image Processing and Analysis (IPA) de una manera simple y eficiente en Python. Esta librería es una envoltura alrededor de la Insight Toolkit (ITK) desarrollada y es además compatible con la mayoría de las librerías de procesamiento de imágenes médicas.

Instalación de SimpleITK

Hay muchas formas de instalar SimpleITK, pero la forma más sencilla es utilizando pip.


pip install SimpleITK

Si no tienes pip instalado, puedes instalarlo descargando el archivo get-pip.py y ejecutándolo en la línea de comandos:


python get-pip.py

Ejemplos de uso de SimpleITK

Lectura de imágenes

SimpleITK permite leer imágenes de diferentes formatos como DICOM, NIFTI, entre otros. Además, permite modificar la orientación y espaciado de las imágenes.


import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("example.dcm")

Mostrar imágenes

SimpleITK tiene una función para visualizar imágenes dentro del propio jupyter notebook.


sitk.Show(image, title="Ejemplo de imagen")

Procesamiento de imágenes

SimpleITK proporciona muchos filtros para procesar imágenes médicas, a continuación se muestra un ejemplo de aplicación de un filtro gaussiano.


gaussian = sitk.SmoothingRecursiveGaussian(image, sigma=1.0)

Segmentación

SimpleITK proporciona una amplia gama de algoritmos de segmentación, incluyendo la segmentación basada en umbral y la segmentación basada en regiones activas.


threshold_filter = sitk.ThresholdImageFilter()
threshold_filter.SetLowerThreshold(100)
threshold_filter.SetUpperThreshold(200)
threshold_image = threshold_filter.Execute(gaussian)

En este tutorial, hemos aprendido algunas de las características clave de SimpleITK y cómo utilizarlas para procesar y analizar imágenes médicas. Si te interesa saber más sobre SimpleITK y sus aplicaciones en el campo médico, te sugerimos visitar la página oficial de la librería: https://simpleitk.org/.